文档类型
文章
出版日期
2-12-2013
出版来源
BMC基因组学
卷号
14
问题数量
94年
第一页
1
最后一页
14
出版商
生物医学中心有限公司
石头
1471 - 2164
文摘
背景
注释基因组规模的监管监管网络的交互和重建在细菌基因组的至关重要的问题。的Lactobacillales细菌的顺序整理各种微生物产生巨大的经济影响,包括人类和动物病原体和菌株用于食品工业。尽管如此,没有系统的全基因组转录调控的分析之前这个分类组。
结果
比较基因组学的方法被用于重建的转录调控网络在30选定的乳酸细菌的基因组。推断网络组成调节子102年同源转录因子(TFs),包括47个小说之前无特征TFs调节子。许多监管网络之间的差异链球菌科和乳杆菌科组在几个层面上描述。两组具有显著不同的TFs基因组的编码。推断调节子的内容和结构的同源TF结合主题为许多同源TFs两组之间的差异。多种情况下的TFs non-orthologous位移控制特定代谢途径被报道。
结论
重建监管网络大幅扩大现有知识乳酸菌的转录调控。30在每个基因组研究获得的监管网络包含平均36 TFs 250目标基因主要参与碳水化合物的新陈代谢,应激反应、金属体内平衡和氨基酸的生物合成。推断网络可以用于遗传实验,重建功能注释的基因、代谢和进化分析。所有重新调节子在捕获链球菌科和乳杆菌科集合在RegPrecise数据库(http://regprecise.lbl.govwebcite)。
关键字
比较基因组学、转录调控网络,碳水化合物代谢,杆菌,链球菌科,乳酸菌,调节子,转录因子,枯草芽孢杆菌,肺炎链球菌,金黄色葡萄球菌,Lactococcus-Lactis,中央新陈代谢,H-Ns,蛋白,调节子,系统,原核生物
建议引用
Ravcheev, Dmitri A。,亚伦a最好,纳塔莉亚诉Sernova,马拉d Kazanov,帕维尔美国Novichkov和Dmitri a Rodionov. "Genomic Reconstruction of Transcriptional Regulatory Networks in Lactic Acid Bacteria." BMC Genomics 14, no. 94 (2013).http://dx.doi.org/10.1186/1471 - 2164 - 14 - 94
评论
©2013 Ravcheev et al。被许可方生物医学中心有限公司
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