标题

设置锚在小沟:在网上调查Formamido N-Methylpyrrole和N-Methylimidazole聚酰胺受同源的DNA序列

文档类型

文章

出版日期

9 - 2010

出版来源

《化学信息和建模

卷号

50

问题数量

9

第一页

1611年

最后一页

1622年

出版商

美国化学学会

石头

1549 - 9596

文摘

三环N-methylpyrrole (Py)和N-methylimidazole (Im)含有聚酰胺monocations被绑定称为堆叠的DNA小沟内的二聚体,和n端formamido (f)取代基在交错配置高特异性的结合亲和力。虽然绑定常量已报告,没有一个清晰的理解为何如此常数变化显著聚酰胺二聚体和各自的DNA序列同源。采用计算工具,以下为复合物在这项研究:f-PyPyIm在复杂和5 ' - d (GAACTAGTTC) 3 ',在复杂f-ImPyPy 5 ' - d (GAATGCATTC) 3 ',和在复杂f-ImPyIm 5 - d (GAACGCGTTC) 3。选择这些复合物是基于他们的10 - 100倍的差异绑定常量。从这项研究中,它是可能的,以确定聚酰胺锚在特定DNA序列的小沟。这是克隆通过一些互动,提供稳定的特定识别:(i) Py组DNA碱基对之间的安全本身,(ii) lone-pair-Pi DNA脱氧核糖04之间形成相互作用的和肠组织最近的f,(3)小沟基地氢键Im团体和酰胺的聚酰胺骨干,取代基(iv) f旋转不离开的DNA小沟和旋转形成特定的氢键与负电子的网站在地板上的小沟,和(v)灵活的N,取代基N-dimethylaminoalkyl驻留在DNA小沟的有利。结果显示最大数量的互动和稳定dimeif-ImPylm在复杂的5 ' - d (GAACGCGTTC) 3 '和最少的二聚体在复杂f-PyPyIm 5 ' - d (GAACTAGYTC) 3 '。因此,对DNA序列同源,化合物的相对粘结强度是决定f-ImPyIm > f-ImPyPy > f-PyPyIm。这force-field-based计算研究与实验结果一致,并提供一个分子理性绑定常量值。

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