标题

金黄色葡萄球菌的转录调控网络的推理集成实验和Genomics-Based证据

文档类型

文章

出版日期

7 - 2011

出版来源

细菌学期刊

卷号

193年

问题数量

13

第一页

3228年

最后一页

3240年

石头

0021 - 9193

文摘

转录调控网络调整系统,帮助微生物应对环境的变化和细胞生理状态。我们应用RegPredict Web服务器中实现的比较基因组学方法结合种子子系统分析和信息监管互动监管网络重建人类病原体的金黄色葡萄球菌和六个家庭Staphylococcaceae相关的物种。由此产生的参考组46转录因子调节子包含1900多个结合位点和2800年目标基因在中央代谢碳水化合物,氨基酸和脂肪酸;呼吸;应激反应;金属体内平衡;药物和金属电阻;和毒性。推断在金黄色葡萄球菌包括监管网络类似于320年监管46个转录因子之间的相互作用和类似于550个候选靶基因组成的基因组的20%。我们预测类似于170年的小说《交互和24小说调节子的控制金黄色葡萄球菌的中心代谢途径。 The reconstructed regulons are largely variable in the Staphylococcaceae: only 20% of S. aureus regulatory interactions are conserved across all studied genomes. We used a large-scale gene expression data set for S. aureus to assess relationships between the inferred regulons and gene expression patterns. The predicted reference set of regulons is captured within the Staphylococcus collection in the RegPrecise database (http://regprecise.lbl.gov).

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