标题

警告对成对基因相关性的基础上表达的可靠性数据

文档类型

文章

出版日期

6-26-2015

出版来源

微生物学前沿

卷号

6

第一页

650年

石头

1664 - 302 x

文摘

背景:全基因组转录丰度的可用性水平快速增长通过基因表达微阵列和RNAseq承诺提供生物见解深刻复杂,全基因组转录单细胞生物的行为。然而,这种承诺尚未完全实现。结果:我们发现计算成对基因的关联(关联互信息)跨一组2782总从六个不同的细菌全基因组表达样本产生出乎意料的变化估计成对基因协会无论使用的度量,研究下的生物,或样品的数量和来源。我们确定抽样偏差的原因。特别是,在表达数据存储库(如基因表达综合、地理),很多个体基因显示小的绝对差异基因表达水平的样本。我们证明这些小差异主要是由于“噪音”,而不是“信号”归因于环境或遗传扰动。我们表明,下游分析使用基因表达水平的基因成对协会有一些小差异收益率偏差估计。结论:我们建议基因绝对差异小,RMA-normalized,表达水平(例如,标准偏差小于0.5),作为潜在的偏见成对协会标准。这个策略有可能显著改善的信心在细菌生物全基因组对转录行为的结论。进一步的工作需要进一步细化策略来识别基因表达水平的差异小之前计算基因基因关联指标。

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