标题

吲哚菁染料的方法3′末端的自由旋转一个rna:比较5′末端和后果的荧光共振能量转移

文档类型

文章

出版日期

6-25-2013

出版来源

物理化学学报B

卷号

117年

问题数量

29日

第一页

8649年

最后一页

8658年

出版商

美国化学学会

石头

1520 - 6106

文摘

花青染料被广泛用来研究核酸的折叠和结构转换使用荧光共振能量转移(FRET)。烦恼的程度可以用来提取国米和分子内的距离是问题在文献中引起相当大的争议;染料的贡献和链接器动态观察烦恼信号特别麻烦。我们用分子动力学(MD)模拟研究的动态indocarbocyanine染料Cy3和Cy5附加各种3或5的终端16-base-pair RNA双基地。然后我们使用蒙特卡罗模拟染料photophysics预测的结果single-molecule-sensitive烦恼的测量这些相同的分子。我们的结果表明,烦恼的平均价值取决于终端基础和链接器的位置。特别是,3 '附加染料通常探索广阔的地区配置空间,和相对取向因子,卡帕(2),有一个分布free-rotators的方法。这与5 '附加染料,很大一部分时间都在一个或多个配置,有效地堆放在RNA双工的结束。不同的染料的存在配置5 '附加染料与观测一致,由他人,多种荧光寿命的Cy3核酸。尽管担心经常被用作分子“统治者”来测量分子内的距离,距离的测量通常依赖于假设的旋转自由度的染料可以平均和捐赠者的一生没有受体是一个常数。 We demonstrate that even for the relatively free 3' attached dyes, the correlation time of kappa(2) is still too long to justify the use of a free-rotation approximation. We further explore the consequences of multiple donor lifetimes on the predicted value of FRET.

关键字

单分子担心,双链Dna构象波动,核酸,花青染料、动力学、Cy3,定位、光谱学、Photophysics

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