标题
参数化的荧光蛋白发色团
教师的导师(s)
布兰特博士克鲁格
文档类型
海报
事件日期
4-10-2015
文摘
荧光蛋白(FPs)是重要的许多研究蛋白质的功能,和我们计划检查他们在未来使用分子动力学(MD)模拟。跑前医学荧光蛋白发色团参数必须确定符合康奈尔等人的力场(1995,j。化学。Soc)及其变种(ff99、ff99SB ff99bsc, ff14SB,等等),以及广义琥珀力场(鱼钩;王et al ., 2004, j .第一版化学常用的琥珀。使用量子力学参数进行了计算,以确定每一个发色团的优化几何和静电势。克制的静电势(职责)拟合程序是用来推导原子指控。所有其他参数(Lennard-Jones、键长,键角,二面角交互)被类比的力场参数分配。完成医学参数提出了六个常见生色团的FPs: EGFP, mCherry,安全域,EBFP, EYFP和森林。
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这项研究是由美国国家科学基金会——瑞奖#切- 1058981,和计算资源提供了通过NSF-MRI奖#切- 1039925中西部本科计算化学协会(MU3C)。