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扩展琥珀力场来描述荧光探针

作者(年代)

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Arcelia奥尔特加,世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地遵循
Alyssa史蒂文森,世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地遵循
德里克·萨默斯,世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地遵循
Alyssa Cassabaum
克里斯汀Gobrogge,世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地遵循
布莱恩·利兰
大卫·保罗
艾米Speelman

教师的导师(s)

布兰特博士克鲁格,世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地

文档类型

海报

事件日期

4-13-2012

文摘

我们正在开发一个方法对于研究生物分子的结构动力学,夫妻荧光光谱和计算模型,提供一个更完整的理解而不仅仅是可能的与技术。计算模型将主要基于分子动力学(MD)模拟。跑步之前MD,染料参数确定符合康奈尔等人力场(1995,j。化学。Soc)和广义琥珀力场(鱼钩;王et al ., 2004, j .第一版化学常用的琥珀。使用量子力学参数进行了计算,以确定低能构象的染料和计算静电势为这些矫形器。RESP负责拟合过程被用来推导原子的指控。所有其他参数都由类比的力场参数。几个DNA, RNA-fluorescent探针系统将明确在水和溶剂化平衡在开始生产之前MD模拟。 These simulations will be used to generate simulated fluorescence data for direct comparison to experimental bulk and single-molecule FRET data.

评论

这项研究受到了美国国家科学基金会鲁伊,磁共振成像,活,& CIEG项目,霍华德休斯医学研究所ACS-Petroleum研究基金,中西部地区本科计算化学财团和Teragrid Cyberinfastructure。

建议引用

存储库的引用:做饭,安德鲁;奥尔特加,Arcelia;史蒂文森Alyssa;夏天,德里克;Alyssa Cassabaum;Gobrogge,克里斯汀;布莱恩·利兰;保罗,大卫;艾米,Speelman“扩展琥珀力场来描述荧光探针”(2012)。11年度庆典本科生研究和创意表现的(2012)。204年论文。
https://digitalcommons.m.icarseries.com/curcp_11/204

2012年4月13日。