马修·德容

计算机科学部门

27个坟墓的地方

荷兰,49423年密歇根

(616)395 - 7429

dejongh@m.icarseries.com

教育

硕士在神学研究,Winebrenner神学院,1998。

计算机科学博士学位(人工智能),美国俄亥俄州立大学,1991。

在计算机科学硕士,美国俄亥俄州立大学,1986。

计算机科学和数学学士学位,美国俄亥俄州立大学,1985。

就业

计算机科学教授,希望学院、荷兰、密歇根、(2014年至今)世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地

计算机科学副教授,希望大学,荷兰,密歇根州,(2008 - 2014)世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地

计算机科学助理教授,希望大学,荷兰,密歇根州,(2002 - 2008)世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地

高级软件工程师,NetGenics公司/狮子生物科学有限公司(1998 - 2002)

校园部长大使命部委(1991 - 1998)

研究生研究助理,俄亥俄州立大学(1987 - 1991)

研究生助教,美国俄亥俄州立大学(1986 - 1987)

专业协会

计算机协会、特殊利益集团对计算机科学教育

出版物


(*指定学生的合作者)


SMD课问张,F Liu J jeffry,摩根大通法,约Edirisinghe, M。曼迪,N芡欧鼠尾草,E努尔,我贝贝,AA最好,德容,JA Kimbrel, P D 'haeseleer,老塔米托德,博尔顿,E皮尔森,佳能,EM Wood-Charlson, RW Cottingham,美联社阿金,CS亨利,ModelSEED生物化学数据库集成的代谢注释和重建,比较和分析的代谢模式植物,真菌和细菌,核酸的研究D1卷,49岁的问题,2021年1月。


李K,陈R,林赛•W最好AA,德容M,亨利·C Tintle N,“实现基因功能鉴定和评估一个高斯混合框架从TnSeq数据,”太平洋研讨会于2019年生物运算世界科学出版社,2018年11月。


阿金,Cottingham R,亨利C,et al。“KBase:美国能源部系统生物学知识库,”自然生物技术2018年7月,卷。36岁。


*鲍尔曼N, Tintle N,德容M,最好AA,“细菌基因组的代谢特征,识别和分析”太平洋生物运算研讨会上卷。22日,2017年1月。


泰勒法J,戴维斯J, Edirisinghe J R, Weisenhorn P,奥尔森R,史蒂文斯R,罗查M,罗查我最好的AA,德容M, Tintle N, Parrelo B, Overbeek R,亨利·C”计算和应用原子调节子理解基因表达和调控,”微生物学:前沿系统微生物学2016年11月,卷。7日。


Disselkoen C *希腊B *厨师K, K *科赫,* Lerebours R *收成C *角J * E举行* Ashenafi Y *费舍尔K * Acosta, *坎宁安M,最好AA,德容M, Tintle N,”贝叶斯框架的分类微生物基因活性状态,”微生物学:前沿系统微生物学2016年8月,卷。7日。


法J, Khazaei T, Edirisinghe J, Weisenhorn P,西维尔,康拉德N,哈里斯N,德容M,亨利·C”构造和分析微生物群落的代谢通量模型”,书一章施普林格协议手册胡玛纳出版社,2016年6月,。


*权力年代,德容M, AA,最好和Tintle N,”警告对成对基因相关性的基础上表达的可靠性数据”微生物学:前沿系统微生物学》第六卷,650号,2015年6月。


Overbeek缺乏,S, R,德容,M, Vonstein, V,最好,,亨利,C,“自动基因组注释和代谢模型重建的种子和种子”,书一章系统代谢工程系列:分子生物学方法,艾德。哈尔高山,胡玛纳出版社,2013年2月。


Tintle N * Sitarik, * Boerema, B *年轻,K,最好,,德容,M,“评估基因集的一致性分析中使用的细菌基因表达数据”BMC生物信息学193号,卷。13日,2012年8月。


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亨利,C, Overbeek, R,夏,F,最好,,玻璃,E,吉尔伯特,J,拉森,P,爱德华兹,R, Disz, T,梅耶,F, Vonstein, V,德容,M,巴特尔斯D,德赛,N, D’索萨,M,缺乏,年代,基冈,K,奥尔森R, Wilke, A, Wilkening, J,史蒂文斯,R,“基因型与表现型的高通量测序的时代,“Biochimica et Biophysica学报(BBA)——一般科目卷。1810年,2011年10月10号。


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三个R德容,M”,增加接触和登记,在广度优先入门课程中使用真实的计算任务,”学报2011 SIGCSE技术研讨会上计算机科学教育,2011年。


亨利,C,德容,M,最好,,* Frybarger, P, Linsay, B,史蒂文斯,R,“高通量生成、优化和分析公司的代谢模型,”自然生物技术9号,卷。28日,2010年8月29日在线发表。


Tintle, N,最好,德容,M, * VanBruggen, D, Heffron, F, Porwollik,年代,泰勒,R,“基因为解释微阵列实验分析原核生物,“BMC生物信息学卷。9日,469号,2008年11月。


阿齐兹,R,巴特尔斯D,最好,,德容,M, Disz, T,爱德华兹,R, * Formsma, K,格迪斯,年代,玻璃,E, Kubal, M,梅耶,F,奥尔森,G,奥尔森R,奥斯特曼,Overbeek, R,麦克尼尔,L, Paarmann, D, Paczian, T, Parrello, B, Pusch, G,帝国,C,史蒂文斯,R, Vassieva, O, Vonstein, V, Wilke, A, Zagnitko, O,”拉斯特服务器:使用子系统技术快速注释,“BMC基因组学卷。9日,75号,2008年2月。


最好,德容,M,巴顿,布朗,J,巴尼,C,“跨学科研究的模型和服务学习,希望学院”世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地本科生研究委员会的季度,2007年12月。


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德容,M, *凡讨论,P *拉姆齐,B,“连接分子功能和生物过程方面基因本体论的基因表达数据分析,“会议论文集的IEEE在医学和生物学社会工程4卷,页2984 - 6,2004年9月。


德容,M, Burnatowska-Hledin, M,“生物信息学入门课程的开发和实现希望学院“生物信息学的特殊问题世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地转换:文科在数字时代,卷2,1号,4月,2004年。


硬饼干McEntire, R,卡普,P, N,奥尔肯,F,肯特,R,德容,M, Tarczy-Hornoch, P,本顿,D,帕沙克,D, Helt G,刘易斯,年代,Kosky, A,诺伊曼,E, Hodnett, D, Tolda, L, Topaloglou, T,“生物信息学评价本体交换语言,”学报》第八届国际会议上为分子生物学、智能系统页239 - 250,AAAI出版社,门洛帕克,CA, 2000。

约翰逊,T,史密斯,J,约翰逊,K, Amra, N,德容,m .“图解表格数据的推理,”纳拉亚南N . H(主编),推理与图解表示:从1992 AAAI春季研讨会论文AAAI出版社,页161 - 164年,门洛帕克,CA, 1992。

约翰逊,约翰逊K, T史密斯,J,德容,M,费舍尔,O, Amra, N, Bayazitoglu, A,“红细胞抗体识别,RedSoar-A系统”《十五年计算机应用研讨会上医疗麦格劳希尔,页664 - 668年,华盛顿D。C, 1991。


德容,M和史密斯,J积分的一个域模型解决问题,”学报》第十一届国际会议上专家系统和他们的应用程序阿维尼翁,页125 - 135年,法国,1991年。

演讲


(*指定学生的合作者)


德容M,“建筑建模微生物新陈代谢的杀手级应用:从ModelSEED KBase”邀请了主题演讲,网络和通路会话,代谢组学2016年都柏林,爱尔兰,2016年6月28日。


德容M,“建筑建模微生物新陈代谢的杀手级应用:从ModelSEED KBase,“卢森堡系统生物医学中心2015年9月25日。


德容M,亨利·C,阿金,,“代谢在能源部系统生物学建模知识库。”眼镜蛇2014 - 3日会议上基于重建和分析2014年5月,弗吉尼亚州夏洛茨维尔。


* Hazekamp N * Kammeraad J * Bockstege B,德容M,”M .肺炎模型的比较分析使用CytoSEED插件代谢模型可视化、“邀请演讲ASBMB 2012圣地亚哥,2012年4月。


* Poel德容,M, N,最好的一个,亨利,C,”公司为柔膜细菌代谢模型揭示小说通过磷酸戊糖途径路线,“邀请演讲ASBMB 2010阿纳海姆,CA, 2010年4月。


亨利,C,德容,M,最好,,* Frybarger, P,史蒂文斯,R,”140年的大规模建设和优化公司新的代谢模型,“海报展示若宾20092009年6月,法国南特。


最好,德容,M, * Boillot, P *鲍尔曼,N, * Formsma, K * Frybarger, P, J•威尔肯宁(* Wilkening”向公司代谢网络的自动生成的种子,“海报表示的美国微生物学会第107届大会2007年5月,安大略省多伦多。


最好,德容,M, Tintle:“跨学科研究在生物学、数学和计算机科学:公司微生物代谢重构和建模,“邀请演讲数学和科学Midstates财团:跨学科科学教育圣奥拉夫学院、诺思菲尔德2007年2月23 - 24日,明尼苏达州。


德容,M,最好”,向公司代谢模型的自动生成的种子,“海报展示能源部基因组学:GTL受奖者车间V马里兰州贝塞斯达,2007年2月11日至14日。


德容,M, Burnatowska-Hledin, M,“两种互补的方法教学希望学院生物信息学”邀请的演讲世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地NITLE生物信息学实习缅因州,贝茨学院,刘易斯顿6月19日,2006年。


最好,A和德容,m .“研究型教学方法生物信息学:微生物基因组注释和新陈代谢建模使用种子,”13日美国微生物学会会议本科教育工作者佛罗里达州奥兰多,佛罗里达中央大学,2006年5月19 - 21日。


德容,M和最好的,答:“希望学院生物信息学”邀请演讲世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地阿尔比恩学院数学和生物学讨论会系列阿尔比恩,密歇根州,2005年3月31日。


德容,M,“开始编程在Perl中生物信息学”,邀请演讲的教育研讨会美国细胞生物学学会第44届年会,华盛顿D。C, 2004年12月4 - 8日。


德容,M和Burnatowska-Hledin, M,”报告MITC生物信息学课程的实际教学,“邀请演讲航行Ithaka:技术、协作和文理学院的未来国家科技和自由教育研究所,芝加哥,伊利诺斯州,2004年11月7号到9号,。


德容,M,“开始编程在Perl中生物信息学”的生物信息学的中西部教育技术中心的实践教学研讨会、希世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地望学院、荷兰、密歇根州、2004年5月13 - 15日。


德容,M, Burnatowska-Hledin, M,“生物信息学导论课程,”的生物信息学的中西部教育技术中心的实践教学研讨会、希世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地望学院、荷兰、密歇根州、2004年5月13 - 15日。


Burhans德容,M, D,厄运,T,勒布朗,M,“生物信息学本科课程:计算机科学教育工作者的机会,”SIGCSE 2004,诺福克,弗吉尼亚州,2004年3月3 - 7日。


德容,M,勒布朗,M,“SIGCSE特别项目展示:生物信息学的计算机科学课程,”SIGCSE 2004,诺福克,弗吉尼亚州,2004年3月3 - 7日。


德容,M, *凡讨论,P *拉姆齐,B,“连接分子功能和生物过程方面基因本体论的基因表达数据分析,“海报展示太平洋生物运算2004年研讨会,背风面,夏威夷,2004年1月6 - 10,。


德容,M,“在本科课程,引入生物信息学”Bio2010:计算生物学问题的解决办法6月24 - 26日于华盛顿大学医学院的2003。


德容,M和Burnatowska-Hledin, M,“在本科课程,引入生物信息学”创新的科学教学:加强学习与技术迪堡大学,2003年5月31日至6月1日。


德容,M和Burnatowska-Hledin, M,“介绍生物信息学练习使用互联网资源,”生物信息学的本科课程,迪金森学院,2003年3月21 - 22日举行,。

德容,M和史密斯,J”的使用功能和因果知识用红色,”了第八飙升车间,南加州大学,1990年10月。

德容,M和史密斯,J,“知识整合多个模型”,提出在AAAI春天人工智能在医学研讨会上,斯坦福大学,1990年3月。

德容,M和史密斯,J,“缩小知识和符号级别:一个集成知识工程环境,”提出的AAAI春季研讨会上知识系统的开发工具和语言,斯坦福大学,1989年3月。


学生的研究报告


格兰姆斯M, Satkiewicz L,“描述代谢细菌世界的多样性,”眼镜蛇20182018年,西雅图,佤邦,10月14日。


近藤年代,“建模细菌代谢和基因调控,”的庆祝本科生研究和创造性的表现、希世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地望学院、荷兰、密歇根、2015年4月15日。


Deeg C,近藤年代提出差距反应代谢途径的基因,”的庆祝本科生研究和创造性的表现、希世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地望学院、荷兰、密歇根州、2014年4月11日。


在Kammeraad J,近藤,年代,德容,M,”M .肺炎模型的比较分析使用CytoSEED插件代谢模型可视化,”在皮尤Midstates科学和数学财团的本科生研究研讨会,圣路易斯,密苏里州,2012年11月。


Hazekamp N, Kammeraad J, Bockstege B,德容M,”M .肺炎模型的比较分析使用CytoSEED插件代谢模型可视化,“海报表示和赢家的荣誉奖ASBMB 2012圣地亚哥,2012年4月。


Frybarger P德容,M,“代谢反应网络的生成和细化的种子”,在ISMB 2008多伦多,安大略省,7月19号,2008。


Frybarger P”范围扩大公司的代谢模型,”的第七次年度庆典的本科生研究和创造性的表现、希世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地望学院、荷兰、密歇根、2008年3月28日。


Boillot Formsma K, P,“原核基因组的比较代谢模型,”的本科研究委员会2007年海报在山上2007年4月25日,华盛顿特区。


Formsma K“自动生成公司的代谢模型,”在SIGCSE 2007学生研究竞争卡温顿,肯塔基州,2007年3月7日。


Boillot P Formsma K“自动生成公司的代谢模型,”的第六届庆祝本科生研究和创造性的表现、希世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地望学院、荷兰、密歇根、2007年1月29日。


Formsma安布罗斯,J, K,古尔德,J,“集成KEGG通路的种子,”的阿贡国家实验室研讨会本科生的科学、工程和数学伊利诺斯州的阿贡国家实验室,阿贡,2005年11月4日至5日。


M•威尔肯宁(Blumenberg K Wilkening“矿业隐式链接基因本体”的十一年财团计算科学学院:中西部地区会议密歇根州卡拉马祖学院Kalamzoo, 2004年10月1 - 2日,。


萨姆纳,N,埃文斯,T,德容,M,“模拟物种形成的影响,物种灭绝率在系统发育树分支的长度,”的数学在生物学和医学的国际会议密歇根大学安阿伯市,密歇根州,2004年7月25 - 28日。


拉姆齐,B,范讨论,P,“功能建模的基因表达分析、基因和细胞过程”的SIGCSE 2004学生研究竞争,诺福克,弗吉尼亚州,2004年3月3 - 7日。


拉姆齐,B,范讨论,P,“功能基因和细胞过程的建模,”的皮尤Midstates科学和数学财团的本科生研究研讨会,圣路易斯,密苏里州,2003年11月14 - 16。


补助和奖励


国家科学基金会合作研究:瑞:建模转录组的基因活动状态调查的代谢和监管测序的微生物的多样性奖号码的1775211,2017年8月开始。


国家科学基金会瑞:动力学不相关的基因镶嵌性大肠的人口奖号码的1616737,2016年8月到2019年7月。


富布赖特研究学者系统生物医学中心在卢森堡卢森堡大学,2016年2月到6月。


国家科学基金会合作研究:瑞:开发综合代谢调控模型(iMRMs)代谢和监管的调查测序的微生物的多样性奖号码的1330734,2013年10月到2016年9月。


能源部,KBase:预测生物学和环境研究的综合知识库阿贡国家实验室分包合同,2011年9月到2016年8月。


国家科学基金会拉斯特服务器扩展到支持蜂窝网络的重建和建模奖号码dbi - 0850546, 2009年9月到2013年8月。


富布赖特研究学者Laboratoire Bordelais de矫揉造作的Informatique,波尔多,法国,Fulbright-Aquitaine区域市政局奖2009年1月至6月。


国家科学基金会瑞:自动代谢重建所有微生物基因组测序博士伦最佳(生物学),奖号mcb - 0745100, 2008年8月到2012年7月。


阿贡国家实验室,客人教师项目,2006年至今。


世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地希望学院,霍华德休斯医学研究所教师发展格兰特跨学科研究博士伦最好(生物学)和内森博士Tintle(数学),夏天,2006。


世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地希望学院,霍华德休斯医学研究所教师发展格兰特跨学科研究博士伦最好(生物学),夏天,2005。


世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地希望学院,Towsley研究学者奖,2005年1月。


国家计算机科学研究所开发的虚拟applet增加概念的理解在霍普学院本科生物学课程世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地黛比Swarthout, 2004年9月。


世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地希望学院教师发展基金,功能建模的基因和细胞基因表达数据分析的过程,2004年6月。


中西部教育科技中心生物信息学课程的实践教学2004年5月,玛丽亚Burnatowska-Hledin。


计算机协会,特殊利益集团在计算机科学教育:生物信息学在计算机科学的课程,希望学院玛丽亚Burnatowska-Hledin,马克勒布朗和贝琪世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地代尔惠顿大学,马,2003年7月。



最近的服务希望学院世界杯荷兰vs厄瓜多尔走地


计算机科学系主任,2018 - 21所示


董事高级研讨会,2018 - 21所示


总统遴选委员会,2018年


教师的主持人,2016 - 18


教务长过渡委员会,2017年


校园总体规划委员会,2016 - 17所示


战略计划-学术特殊性研究小组,2015(椅子)


专业利益委员会,2010年,2011 - 13(椅子),2016 - 18


行政事务委员会,2014 - 15(秘书)


关键问题研讨会计划委员会,2013 - 14所示


计算机科学系主任,2013年